С началом боевых действий в Сербской Автономной Области Краины железнодорожники её столицы, города Книна, ушли в первые ряды защитников . В 1991 году некоторые из них прошли обучение у «Капетана Драгана», ветерана австралийской армии, который имел большой военный опыт и стремился поделиться им с сербскими ополченцами путем создания центра подготовки разведчиков и диверсантов. Железнодорожники решили применить свои способности в привычной им обстановке — на железной дороге, и, в результате, в июле того же года в Книне был собран бронепоезд. В первой операции его вагоны были защищены мешками с песком. Для защиты от стрелкового оружия этого было достаточно, тяжелого вооружения у хорватов тогда было немного, а его поставки из-за границы только начинались. В конце поезда находился локомотив производства «Дженерал-Моторс». Из контролируемого сербскими милиционерами Грачаца поезд двинулся в направлении хорватских позиций близ Штикарне.
Боевые действия показали необходимость улучшения защиты поезда от хорватской пехоты. В Стрмице бронезащита вагонов была усилена стальными плитами толщиной 25 мм. В тот период непосредственно боевыми были только два вагона. В передней части одного из них была установлена сдвоенная ЗСУ M38 калибра 20 мм, захваченная партизанами во время Второй мировой войны. Первоначально это зенитное орудие было установлено в кузове грузовика, а затем им вооружили бронепоезд. На втором вагоне были размещены пусковые установки противотанковых ракет «Малютка» и ЗСУ M12 калибра 40 мм, произведенная в Великобритании. Также бронепоезд был вооружен пулеметами М53 — копией немецких МГ-42 времен Второй мировой войны. Через некоторое время поезд пополнился ещё одним боевым вагоном, поставленным между первыми двумя. Новый вагон оснастили так называемым «троцевцем» — строенным зенитным орудием калибра 20 мм, производимым в Югославии по испанской лицензии. Помимо него были ещё одноствольная ЗСУ M75 того же калибра и два американских пулемета M2HB калибра 12,7 мм. Локомотив защищали два пулемета M84 — копии советского ПК. Было усилено бронирование вагонов, в случае минометного или артиллерийского обстрела команда могла укрыться внутри них или внутри вагона со снаряжением.
Поезд был окрашен в маскировочные цвета. После завершения всех работ он был задействован в боях близ Дрниша. Затем участвовал в операции по деблокаде складов в Свети Рок, поддерживал действия Югославской Народной Армии и краинской милиции. Именно тогда бронепоезд и начал обрастать легендами и получил свое знаменитое прозвище«Крайина Экспресс». Стоит отметить, что оно не менялось на протяжении всей войны, хотя поезд несколько раз менял свой формальный статус и команду. Первоначально он числился в составе Милиции Краины, а затем был приписан к Войску Сербской Краины (регулярной армии).
В начале 1992 года при посредничестве представителей ООН между ЮНА и хорватской стороной было подписано перемирие. В это время бронепоезд сражался с хорватами в операции по деблокаде аэродрома Земуник близ Задара. После её успешного завершения «Крайина Экспресс» вернулся в Книн.
Весной 1992 года в Сербской Краине вдоль линии фронта разместились «голубые каски» — миротворцы ООН. Большую часть тяжелого вооружения краишники складировали в местах, охраняемых миротворцами. Границу с Хорватией должны были прикрывать подразделения легко вооруженной милиции. В боевых действиях наступила кратковременная передышка. Команда бронепоезда не теряла времени даром и активно готовилась к предстоящим боям. На первом боевом вагоне трофейная немецкая зенитка была заменена пушкой ЗИС-3 калибра 76,2 мм, принятой на вооружение Красной армии в 1942 году. Позади него были поставлены два НУРСа (неуправляемый реактивный снаряд) калибра 57 мм. Эти системы предназначались для оснащения ими югославских штурмовиков, но самолетов в СВК было мало. На одном грузовом вагоне был и миномет калибра 120 мм, но применяли его редко. Перемирие с хорватами и работы на поезде не помешали его команде принимать участие в боевых действиях.
27 ноября 1992 года из сил Территориальной Обороны, ополченцев и военизированных формирований (добровольцев) было создано Войско Республики Сербской Краины. «Крайина Экспресс» и его команда отныне именовались Железнодорожной ротой 75-й моторизованной бригады VII-го Северодалматинского корпуса СВК, ответственного за южную часть Краины, в том числе и за район её столицы, Книна.
21 января 1993 года хорваты в результате внезапной атаки захватили район Масленицы. В СВК было мало резервов, в бой бросали всех, кого могли. Тяжелое вооружение изымалось с миротворческих складов и тут же отправлялось на фронт. Бойцы из команды бронепоезда сражались как пехота. В боях они понесли потери: погибло два солдата. Несмотря на то, что сербы смогли вернуть часть утерянной территории, город Новиград и Масленичский мост оставались в руках хорватов. После упорных боев поезд передислоцировали в Бенковац. Именно тогда железнодорожники провели одну из самых знаменитых своих операций: были уничтожены хорватские склады с оружием в туннеле на окраине Задара. «Крайина Экспресс» выдвинулся из Бенковца в направлении позиций хорватов, которые прикрывались установками неуправляемых ракет. В начале поезда находился прицепленный к нему вагон со взрывчаткой и противотанковыми минами. У села Надин вагон был отцеплен и пущен в направлении хорватских складов в туннеле.
В тот период бронепоезд чаще всего дислоцировался в Бенковце, поддерживая действия бойцов СВК по отражению хорватских атак. В одной из операций «Крайина Экспресс» действовал совместно с бойцами «Капетана Драгана» и, в результате, был разгромлен батальон 159-й бригады хорватской армии. Через некоторое время экипаж бронепоезда был отправлен на отдых.
Летом 1993 года на поезде провели частичную смену вооружения. ЗИС-3 заменили на самоходное орудие M-18. Эти самоходки поставлялись в Югославию из США в 50-е годы. В Сербском Войске Краины их применяли в основном для артиллерийской поддержки пехотных и моторизованных бригад. Будучи достаточно популярны, эти самоходные установки имели и один недостаток — не очень надежный мотор. По этой причине одну из САУ и поставили на бронепоезд, снабдив и её, и весь поезд противокумулятивной защитой.
В 1994 году «Крайина Экспресс» сражался в Западной Боснии, где СВК и ВРС поддерживали отряды Фикрета Абдича, не желавшего подчиняться политикам в Сараево и стремившегося заключить с сербами мир. Им противостоял V-й корпус АРБиХ (армии боснийских мусульман). Близ города Бихач его бойцы попали в переднюю часть второго боевого вагона «Крайина Экспресса» противотанковой ракетой «Малютка». Был легко ранен член экипажа бронепоезда. В этом районе Боснии действия «Крайина Экспресса» ограничивались артиллерийской поддержкой ВРС, СВК и солдат Фикрета Абдича. В одном из туннелей экипаж бронепоезда наткнулся на мину, и после этого его сопровождали саперы. Также его действия осложнялись большим количеством бетонных бункеров, возводимых солдатами V-го корпуса. По ряду причин бронепоезд вернулся в Книн в декабре 1994 года. В боях в Западной Боснии он участвовал под названием 7-й бронепоезд и, как и прежде, находился в составе VII-го корпуса СВК.
В конце июля 1995 года хорватские подразделения нанесли поражение ВРС в районе горного массива Динара. Южная часть Сербской Краины, таким образом, попала в полуокружение. У «Крайина Экспресса» тогда были два экипажа: один располагался в Книне, другой находился в районе Динарских гор.
Ранним утром 4 августа 1995 года армия Хорватии начала операцию «Олуя» (Буря) против Сербской Краины. Экипаж, находящийся в городе (Книн), принял участие в обороне Краины. Бронепоезд выдвинулся в район Лики, но конкретных целей перед ним не было. Находясь в полуокружении, члены экипажа пустили поезд под откос, чтобы он не достался хорватам, а сами были вынуждены эвакуироваться на территорию Республики Сербской.